До Иссык-Куля из Бишкека маршрутки ходят часто, но вот до красивых ущелий, водопадов и григорьевских каньонов вы без подготовленного авто просто не доберетесь - там нужны исключительно внедорожники. Чтобы не портить себе отпуск сложной логистикой, проще нанять местного проводника на машине. Хорошая база специалистов со своим транспортом собрана тут:
https://travel-mania.org/Kyrgyzstan/Bishkek/guides/ Они составят вам индивидуальный маршрут, завезут на секретные смотровые площадки, организуют колоритную ночевку в юртах и покажут настоящую дикую природу Тянь-Шаня без лишней суеты.