12-го июня около ст. Шаблиевка, последним снарядом с отступающего красного бронепоезда генерал Марков был смертельно ранен. Снаряд разорвался в трёх шагах от него, он упал как подкошенный, рядом лежала его знаменитая белая папаха. Его перенесли в ближайший дом. Он был без сознания. Через некоторое время, придя в себя, он спросил: „Как мост!" и узнав что он взят — успокоился, поцеловал икону, которую всегда возил с собой и. с трудом выговаривая слова, сказал: „Умираю за вас... как вы умирали за меня...благославляю вас...." Через несколько минут его не стало. Ему было только 40 лет. На утро 1-ый Кубанский Стрелковый полк, входящий в дивизию Маркова провожал останки любимого своего командира. Раздалась команда: - „Слушай! На караул!" В первый раз полк так небрежно отдавал честь своему генералу: ружья валились из рук, штыки колыхались, офицеры и казаки плакали навзрыд. /Ген. Деникин "Очерки Русс. Смуты" 3-ий том/. 13-го июня ген. Деникин отдал следующий приказ по армии: — „Русская армия понесла тяжёлую утрату: 12 июня при взятии ст. Шаблиевки пал смертельно раненый ген. С.Л. Марков. Рыцарь, герой, патриот с горячим сердцем и мятежной душой, он не жил, а горел любовью к Родине и бранным подвигам. Железные стрелки чтут подвиги его под Творильней, Журавиным, Борыньей, Перемышлем, Луцком, Чарторийском... Добровольческая армия никогда не забудет любимого генерала, водившего в бой её части в Ледяном походе. В непрерывных боях, в двух кампаниях, вражеская пуля щадила его. Слепой судьбе угодно было, чтобы великий русский патриот пал от братоубиийственной русской руки. Вечная память со славою павшему!" И второй приказ: „Для увековечения памяти первого Командира 1-го Офицерского полка, части этой впредь именоваться — 1-й ОФИЦЕРСКИЙ ГЕНЕРАЛА МАРКОВА ПОЛК.
Гроб с телом ген. Маркова был отправлен для погребения в Новочеркасск. 15-го июня весь Новочеркасск хоронил ген. Маркова. За гробом шли ген. Алексеев, Донской атаман, высшие чины Добр. армии, семья ген. Маркова: мать, жена и дети... а также 1-ый Офицерский ген. Маркова полк. Военное кладбище. Там вырытая могила. Последняя лития... и гроб опущен. Несколько залпов Офицерского Генерала Маркова полка. Ген. Алксеев, как-то тяжело поворачивая голову в сторону присутствующих, говорит своё надгробное слово /ген. Марков стал очень близким ему человеком и он полюбил его как родного сына/. Ген. Алексеев говорил о Христолюбивом воине Сергии, положившем „жизнь свою за други своя"; говорил о нём как о сыне Отечества, для которого жизнь была недорога, жила бы только Россия; говорил он о примере для всех, который дал воин Сергий...хриплым, сдавленным, прерывающимся голосом говорил ген. Алексеев. Заканчивая, он повернулся к семье покойного и, с усилием повысив голос, обратился ко всем присутствующим: — „Поклонимся же мы земно матушке убиенного, вскормившей и вспоившей верного сына России" - и упав на колени, отвесил ей земной поклон, а за ним все присутствующие. — „Поклонимся мы его жене, разделявшей с ним жизнь и благословившей его на служение Родине" - и снова земной поклон. И повернувшись к могиле, он бросил первую горсть земли на гроб. Новая свежая могила со скромным деревянным крестом, как на других могилах, появилась на Новочеркасском военном кладбище. На кресте не было никакой надписи, на нём висел лишь терновый венец. До самого конца в Добр. армии чувствовалась потеря ген. Маркова - достойного заместителя ему не нашлось. Уже в эмиграции ген. Деникин писал: „Сколько раз потом, в поисках нужного человека, на фоне безлюдья, я говорил себе: -„Нет Маркова..."-
В 2003 г. в городе Сальске Ростовской области, недалеко от места гибели генерала был сооружен первый в России памятник деятелю Белого движения - генералу Маркову. На постаменте издалека виден знак 1-го Кубанского похода – меч, проходящий сквозь терновый венец – и слова принадлежащие Маркову: «Верьте, что Родина вновь будет сильной Великой, Единой и Могучей…»